Pada awalnya Fakultas Perikanan
dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman dibuka sebagai Jurusan Perikanan pada
Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman pada tanggal 26 Februari 1976. Pada
waktu itu belum dikenal istilah program studi, tetapi sistem semester dengan
masa studi 4 tahun sudah mulai diterapkan. Berdasarkan SK Direktur Jenderal
Pendidikan Tinggi Nomor 102/DIKTI/Kep/tahun 1984 Jurusan Perikanan pada
Fakultas Pertanian ditetapkan menaungi tiga program studi yaitu Program Studi
Budidaya Perairan, Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan dan Program
Studi Sosial Ekonomi Perikanan.
Setelah mengalami perjuangan cukup
lama, pada tanggal 27 Desember 2000 berdasarkan Surat Keputusan Menteri
Pendidikan Nasional Nomor 237/0/2000, Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian
berubah statusnya menjadi fakultas tersendiri dan diberi nama Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman. Gubernur Provinsi
Kalimantan Timur kemudian meresmikan beroperasinya Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan pada tanggal 7 Februari 2001.
Berdasarkan SK Mendiknas tersebut
di atas, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan memiliki tiga jurusan, yaitu
Jurusan Budidaya Perairan, Jurusan Sumberdaya Perairan, dan Jurusan Sosial
Ekonomi Perikanan. Masing-masing jurusan membawahi satu program studi dengan
nama yang sama dengan nama jurusannya. Di bawah pengelolaan jurusan, terdapat
juga laboratorium- laboratorium untuk kegiatan praktikum dan penelitian
mahasiswa dan dosen.
Pada tahun 2004 berdasarkan SK
Rektor No. 154/OT/2004 tanggal 7 Juni 2004 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
membuka Program Konsentrasi Studi Teknologi Hasil Perikanan yang dibina oleh
Jurusan Budidaya Perairan. Pada tahun 2008, kemudian dibuka juga Konsentrasi
Ilmu dan Teknologi Kelautan di bawah program studi Manajemen Sumberdaya
Perairan melalui SK Rektor No 329/DT/2008 tanggal 14 Agustus 2008. Dalam jangka
panjang program konsentrasi studi tersebut akan dikembangkan menjadi program
studi tersendiri dalam rangka memenuhi kebutuhan pembangunan.
Pada tahun 2016 berdasarkan
Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia
Nomor 413/KPT/I/2016 tanggal 14 September 2016 Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan membuka Program Magister Ilmu Perikanan. Pada Tahun 2007, berdasarkan
SK Dikti Nomor 163/Dikti/Kep/2007 tanggal 29 November 2007 tentang Penataan dan
Kodefikasi Program Studi Perguruan Tinggi Program Studi, maka salah satu
program studi di FPIK berganti nama yaitu Program Studi Sosial Ekonomi
Perikanan menjadi Program Studi Agrobisnis Perikanan, sedangkan nama Program
Studi yang lain tetap.
Seiring berjalannya waktu,
Konsentrasi Teknologi Hasil Perikanan meningkat statusnya menjadi Program Studi
berdasarkan Permen Dikti Nomor 138/KKPT/I/2015, tanggal 4 Desember 2015.
Sementara itu, di tahun 2017, Konsentrasi Studi Ilmu dan Teknologi Kelautan
melalui surat permohonan Rektor Nomor 4066/UN17.6/DT/2017 tanggal 4 September
2017 mengusulkan penambahan program studi baru pada Universitas Mulawarman
kepada KepmenristekDikti. Tindak lanjut dari surat permohonan Rektor tersebut
adalah berdirinya Program Studi Ilmu Kelautan pada tanggal 09 November 2017,
berdasarkan Surat Keputusan KEPMENRISTEKDIKTI Republik Indonesia Nomor
618/KPT/I/2017 tentang Izin Pembukaan Program Studi Ilmu Kelautan.
Pada tahun 2020 kembali terjadi
perubahan nama beberapa Program Studi di Universitas Mulawarman berdasarkan
Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 527/M/2020, tanggal 8 Mei
2020 tentang perubahan nama Program Studi pada Universitas Mulawarman. Ada 3
Program Studi (PS) yang ada di FPIK yang berubah nama, yaitu PS. Budidaya
Perairan berubah nama menjadi Akuakultur, PS. Agrobisnis Perikanan menjadi
Sosial Ekonomi Perikanan, dan PS. Manajemen Sumberdaya Perairan menjadi
Pengelolaan Sumberdaya Perikanan, sedangkan PS. Teknologi Hasil Perikanan dan
PS. Ilmu Kelautan tidak mengalami perubahan nama, termasuk Program Studi
Magister Ilmu Perikanan.